Los depósitos deben estar perfectamente limpios antes de almacenar un nuevo aceite para evitar alteraciones. Desde este momento lo más importante es el mantenimiento del depósito con sangrados frecuentes (si el depósito lo permite) de las borras que se van depositando, para evitar las fermentaciones por acumulación de las mismas.

Los residuos orgánicos líquidos que quedan de la producción de aceite (borras), ahora pueden ser parte de un sistema denominado biorremediación, que los descontamina sin utilizar aditivo químico alguno, con lo que se convierte en una alternativa "limpia" de tratamiento y disposición final de estos desechos, que además puede ser usado como abono natural.

Los aceites pasan a la bodega con humedad e impurezas que precipitan y fermentan. Si no se eliminan a tiempo, aparece el flavor a "borras" en los aceites. Los depósitos deben lavarse bien antes de llenarlos.